Una mezcla biológica. Diferentes señales de biodiversidad.
El metabarcoding utiliza regiones del ADN para investigar conjuntos de organismos en una muestra. La elección del enfoque depende del material disponible, de los grupos de interés y de la pregunta del estudio.
Un enfoque de análisis.
El metabarcoding combina el análisis de regiones marcadoras del ADN con la secuenciación de mezclas de material biológico. Las secuencias obtenidas se evalúan mediante métodos bioinformáticos y se comparan con referencias para investigar los organismos detectados.
El ADN ambiental (eDNA) describe el origen del material; el metabarcoding describe una forma de analizarlo. El enfoque puede aplicarse a muestras ambientales y a otros materiales que contengan ADN de diferentes organismos, según la viabilidad del protocolo.
Conozca el enfoque de ADN ambiental ↗El marcador define parte del alcance.
Diferentes regiones del ADN ofrecen distintas resoluciones. La selección de los marcadores debe considerar los grupos que el estudio pretende investigar y la capacidad de diferenciarlos.
Ningún marcador garantiza la detección de todos los organismos. La amplificación puede favorecer a algunos grupos y no recuperar otros; ampliar la combinación de marcadores tampoco elimina todos los límites.
- Definir los grupos de interés antes de elegir los marcadores.
- Evaluar la calidad y la preservación del material.
- Planificar controles y criterios analíticos compatibles con la pregunta.
Una secuencia necesita una referencia.
La asignación taxonómica depende de la representación de los organismos en las bases de datos de referencia consultadas, de la calidad de las referencias y de la capacidad de discriminación del marcador. Algunas secuencias pueden asignarse a un género o una familia, sin sustentar una identificación a nivel de especie.
El procesamiento debe explicitar los criterios de calidad y de asignación. Una lista de nombres sin este contexto no expresa, por sí sola, la solidez de la evidencia.
Comprenda el papel de la bioinformática ↗Investigar composición y diferencias.
El enfoque puede apoyar preguntas sobre la composición de organismos detectada en las muestras y comparaciones entre lugares o campañas. Estas comparaciones requieren un diseño y un esfuerzo compatibles.
En investigación y estudios ambientales, el metabarcoding puede complementar otras fuentes de información. Su aplicación debe evaluarse para cada material y objetivo, sin prometer una detección universal.
Explore los contextos de aplicación ↗La detección no equivale a un inventario completo.
No detectar una secuencia no demuestra la ausencia del organismo. Deben considerarse la contaminación, la degradación, la inhibición y los sesgos analíticos.
El número de lecturas de secuenciación no corresponde directamente al número de individuos. En muestras ambientales, el transporte y la persistencia del ADN también limitan las inferencias sobre la presencia en el punto y en el momento del muestreo.
Consideraciones adicionales sobre el ADN ambiental ↗¿Qué mezcla biológica está investigando y qué pregunta necesita responder?
Cuéntenos el contexto del proyecto, el entorno y la pregunta que necesita responder. La conversación inicial ayuda a definir el enfoque y el alcance.